Vivek Khera によれば, 一部の BSD システムでは, 夜間のセキュリティ スキャンで setuid ファイルの変更を調べます. setgid ディレクトリも, 変更されるとスキャン結果に現れます. また, BSD システムでは, ディレクトリの中にファイルを作ると, ディレクトリのグループ所有権を自動的に継承するので, setgid ビットはなくてもいいのです. 他の Unix システムでは, ディレクトリの setgid ビットがオンになっていないと こうはなりません.
ディレクトリの setgid ビットをオンにせずにインストールするには, configure を実行したあとで, make に DIRSETGID 変数を渡せばいいです:
% make DIRSETGID=: install
これで, インストールされるディレクトリに対する chmod g+s コマンドが無効になります.